Als keurmerk-beherende instantie heeft MTCC de verantwoordelijkheid voor de behandeling van certificering van bossen op Maleisisch grondgebied en van Maleisische bedrijven.
In oktober 2001 is het MTCC-keurmerk in Maleisië ingevoerd, waarbij is gekozen voor een gefaseerde aanpak. De reden hiervoor is dat MTCC er zeker van wil zijn dat alle processen en procedures binnen de criteria van het keurmerk nauwkeurig en correct worden opgevolgd.
In de eerste fase zijn aanvragen voor het MTCC keurmerk getoetst aan de Malaysian Criteria, Indicators, Activities and Standards of Performance for Forest Management Certification [MC&I(2001)]. Deze criteria waren gebaseerd op de in 1998 vastgelegde ITTO 'Criteria and Indicators for Sustainable Forest Management of Natural Tropical Forest'. De criteria boden een standaard voor, onder andere, elementen met betrekking tot duurzaam bosbeheer, zoals economische, sociale, milieu- en natuurbehoud aspecten.
Inmiddels worden sinds 2006 nieuwe criteria, de MC&I(2002), gebruikt bij de toetsing van certificeringaanvragen. Deze criteria zijn gebaseerd op de principes en criteria voor duurzaam bosbeheer van de Forest Stewardship Council (FSC). Bij de ontwikkeling van de nieuwe standaard heeft een uitgebreid consultatieproces plaatsgevonden met vertegenwoordigers van economische, sociale en milieu-organisaties. De criteria zijn getest in Sabah, Sarawak en Peninsular Maleisië, voordat ze definitief zijn geïmplementeerd.
Er worden twee verschillende certificaten uitgegeven.Het 'Certificate for Forest Management' en het 'Certificate for Chain-of-Custody'.
Voor beide certificaten bepalen onafhankelijke en geaccrediteerde certificerende instanties of de aanvraag voldoet aan de criteria en richtlijnen van het Malysian Timber Certification Scheme (MTCS). Deze certificerende instanties besluiten vervolgens over het honoreren van aanvragen en het verstrekken van het keurmerk. Indien sprake is van een geschil, biedt MTCC procedures om tegen een uitspraak in beroep te gaan.
In december 2009 voldeed 4.426.152 hectare bos in Maleisië aan de eisen van het MTCS-keurmerk. Dit is een oppervlakte groter dan Nederland (4,152,800 hectare) en bedraagd circa éénderde van de 'permanent forest reserves' in Maleisië. Meer dan 160 houtbedrijven beschikken pver het MTCS chain-of-custody certificaat. Onder deze bedrijven zijn voornamelijk producenten en exporteurs van gezaagd hout, maar ook bedrijven die S4S-hout, gevingerlast hout, lijstwerk en triplex produceren of exporteren.